El instituto de la prescripción

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“5. En el caso de obligaciones tributarias con periodos de liquidación inferior al año, se podrá
realizar una distribución lineal de la cuota anual que resulte entre los periodos de liqui-
dación correspondientes cuando la Administración Tributaria no pueda, en base a la información
obrante en su poder, atribuirla a un periodo de liquidación concreto conforme a la normativa
reguladora del tributo, y el obligado tributario, requerido expresamente a tal efecto, no justique
que procede un reparto temporal diferente.”
8.6. El instituto de la prescripción
La recién establecida no limitación de la compensación de bases imponibles negativas de ejer-
cicios anteriores y el largo periodo de posible aplicación de bonificaciones y deducciones (que
puede llegar, en algunos casos a los 18 años), en la Ley del Impuesto sobre sociedades, Ley
27/2014, obliga al legislador a modificar aquellos preceptos de la Ley General Tributaria que ten-
gan relación con la prescripción al derecho de comprobar la corrección de dichos beneficios fis-
cales, autorizando así, cuando proceda, a los órganos de Gestión e Inspección a la comprobación,
investigación y en su caso expedición de una nueva liquidación, de aquellos períodos prescritos
según el artículo 66 de la LGT (que no se modifica), que limita a cuatro años el derecho de la Ad-
ministración: a determinar la deuda tributaria, a exigir el pago de las deudas tributarias liquidadas
y autoliquidadas, y a solicitar las devoluciones derivadas de la normativa de cada tributo, de los
ingresos indebidos y del reembolso del coste de las garantías.
Todo lo cual hace que se haya llevado a cabo una amplia y profunda reforma del articulado afec-
tado (con un nuevo artículo 66.bis, y la modificación de los artículos: 67.1, 68.9, 69.1, 70.3, 73.1,
y 115. 1 y 2, de la LGT, así como modificación de los artículos 26, 31, 32, y 39 de la LIS, y en el
artículo 24 de la Ley 20/1990, de 19 de diciembre, sobre Régimen Fiscal de las Cooperativas)
Una de las modificaciones más relevantes en esta reforma es que en lo sucesivo habrá que dis-
tinguir cuando prescriben las facultades de: examinar, comprobar, investigar y calificar; y las de
liquidar, con la repercusión que ello tiene a la hora de ver cuál es el tiempo durante el que los
contribuyentes deberán guardar y mantener la documentación y la contabilidad a disposición de
la Administración tributaria.
La nueva redacción del art. 66.bis “Derecho a comprobar e investigar” dispone que la prescrip-
ción de los cuatro años no afectará al derecho de la Administración para realizar comprobacio-
nes e investigaciones conforme al artículo 115, que más adelante se comenta, dejando a salvo
el derecho de la Administración para iniciar el procedimiento de comprobación de las bases o
cuotas compensadas o pendientes de compensación o de deducciones aplicadas o pendientes
de aplicación, que prescribirá a los diez años a contar desde el final de plazo reglamentario para
presentar las declaraciones correspondientes al ejercicio en que se generó el derecho a com-
pensar dichas bases o cuotas, o a aplicar dichas deducciones, cuando dichas bases, cuotas o
bonificaciones se estén aplicando en ejercicios no prescritos que sean objeto de comprobación.
En los procedimientos de Inspección de carácter general (los que afectan a la totalidad de los ele-
mentos de la obligación tributaria) cuyo derecho a liquidar no se encuentre prescrito, podrán com-
probarse las bases o cuotas pendientes de compensación así como las deducciones pendientes
de aplicación, cuyo derecho a comprobar no haya prescrito según las reglas establecidas en el
párrafo anterior. Cuando el procedimiento no revista carácter general deberá hacerse expresa
mención de los ejercicios que serán objeto de comprobación en los que supuestamente se generó
el derecho a compensar las bases o cuotas, o a aplicar las deducciones, que son el objetivo final
de dicha comprobación.
La comprobación y, en su caso, la corrección o regularización de aquellos aspectos respecto de
los que no se hubiese producido la prescripción según los criterios expuestos, sólo podrá realizar-
se en procedimientos de comprobación de las obligaciones no prescritas.
Como puede verse la nueva LGT establece diferencias entre lo que es el derecho a comprobar e
investigar, el derecho a liquidar y el derecho de la Administración de examinar la documentación
de años prescritos. En el artículo 66 bis se establece que la limitación del derecho a comprobar no
impide el derecho a exigir del obligado las liquidaciones, autoliquidaciones y hasta la contabilidad
de ejercicios anteriores, aún más allá de los diez años, cuando en dichos ejercicios se generaron
los créditos fiscales que el obligado tributario pretende aplicarse en ejercicios no prescritos, que
están siendo objeto de comprobación sin establecer más límite temporal que el de la vinculación
entre esos dos momentos: el del origen del crédito fiscal y el de su aplicación.
Estas modificaciones operadas en el nuevo instituto de la prescripción obligan a determinadas
modificaciones en las “potestades y funciones de comprobación e investigación”, que vienen
reflejadas en el artículo 115, y cuyos los apartados 1 y 2 se modifican en esta nueva redacción
legislativa, quedando su contenido, resumidamente, del siguiente modo, (la redacción que sigue
es un resumen del artículo y no es totalmente literal): la Administración Tributaria podrá comprobar
e investigar hechos, actividades y demás circunstancias determinantes de la obligación tributaria
para verificar el correcto cumplimiento de las normas aplicables, aún en el caso de que las mismas
afecten a ejercicios prescritos según el artículo 66, siempre que tal comprobación o investigación
resulte precisa en relación con la de alguno de los derechos a los que se refiere el propio artículo
66, que no hubiesen prescrito, salvo en los supuestos de la prescripción de los diez años del artí-
culo 66 bis en los que resultará de aplicación dicho el límite.
Las comprobaciones podrán extenderse a hechos y actividades que, acontecidos o formalizados
en ejercicios sometidos a la prescripción ordinaria de los cuatro años, hubieran de surtir efectos
fiscales en ejercicios o periodos en los que dicha prescripción no se hubiese producido.
El nuevo articulado matiza, finalmente, que la Administración Tributaria podrá calificar los hechos
y actividades, realizados por el obligado tributario, con independencia de la previa calificación
que éste último hubiera dado a los mismos. Dicha calificación extenderá sus efectos respecto de
la obligación tributaria investigada y, si fuera el caso, respecto de aquellas otras en las que no se
hubiese producido la prescripción ordinaria.
Finalmente en virtud de la modificación operada en el apartado 3 del artículo 70, “La obligación de
justificar la procedencia de los datos que tengan su origen en operaciones realizadas en períodos
impositivos prescritos se mantendrá durante el plazo de prescripción del derecho para determinar
las deudas tributarias afectadas por la operación correspondiente y, en todo caso, en los supues-
tos a que se refiere el artículo 66.bis.2 y 3 de esta Ley.” Lo que se hace con el fin de no incurrir en
discordancias dispositivas.
También se ha pretendido que el nuevo diseño de este instituto tenga su aplicación lo antes posi-
ble. Con cuya finalidad se ha dictado la Disposición transitoria única; que, entre otros señalamien-
tos de la entrada en vigor del articulado, permite a la Administración tributaria aplicar estos crite-
rios prescriptivos a los procedimientos de comprobación e investigación ya iniciados a la entrada
en vigor de la Ley en los que, a dicha fecha, no se hubiese formalizado propuesta de liquidación.
Con estas modificaciones y con el objetivo de evitar controversias que no hacen más que aumen-
tar la litigiosidad en esta materia la nueva redacción normativa procura ajustarse a la doctrina del
Tribunal Constitucional sobre la regulación de la prescripción, puesta de manifiesto en las senten-

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